크리스와 나카바치 박사는 크리스가 어렸을 때부터 갈등이 있었습니다.

이과적으로 천재적이었던 딸에 대한 질투에 더해 학계에서 괴짜취급 받으며 따돌림 당한 탓에 나카바치 박사는 심적으로 몰린 상태였습니다.

자신의 딸인 11살 크리스에게 폭언을 퍼붓는 등 화풀이 끝에 크리스는 미국으로 유학하게 되고 나카바치 박사는 일본에 남으며 헤어지게 됩니다.

그렇게 몇 년의 시간이 흐르고, 학계에서 소외당한 나카바치 박사는 자칭 기자회견을 열게 됩니다.

그러나 기자회견 도중, 오카베 린타로에게 나카바치 박사의 이론이 존 티토가 인터넷에서 주장했던 것을 고스란히 베낀 것이란 비판까지 들으면서 신경이 곤두서게 됩니다.

그런데 이때 타이밍 안 좋게도 크리스가 아버지를 만나기 위해 일본에 입국해 기자회견장에 찾아옵니다.

크리스는 아버지에게 통렬한 비판을 가하는 오카베 린타로를 회견장 밖으로 불러냅니다. 크리스 입장에선 아버지가 비판 받는 걸 두고보기 어려워 한 행동이었으나 나카바치 박사는 오해를 하게 됩니다. 자신을 비판한 오카베와 크리스가 이미 아는 사이였으며 크리스가 자신을 망신주기 위해 오카베를 투입했다는 식으로 말이죠.

게다가 크리스는 사실 타임머신을 그다지 과학적이지 않다고 생각하는 등 시간여행에 부정적이었으나, 아버지와 사이를 개선하기 위해 직접 타임머신 이론을 연구해 가져온 상태였습니다.

나카바치 박사에게 타임머신 이론 연구를 보여주며 대화를 시도하지만 여러 오해가 겹친 끝에 자신의 영역(시간여행 이론)에서까지 훨씬 압도적인 성과를 낸 딸에 대한 열등감까지 폭발해 크리스의 연구를 자신이 가로채겠다고 선언해버립니다.

당연히 크리스는 아버지가 그런 행동을 한 것에 자신의 연구를 훔치려는 거냐고 따져묻고 나카바치 박사는 이에 격분해 크리스를 칼로 찔러 살해하게 됩니다.

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여기까지가 원래의 '베타세계선'입니다.

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===이후의 전개===

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이 뒤로 나카바치 박사는 비행기를 타 해외로 출국하는데, 시이나 마유리가 떨어뜨린 금속재질 메탈우파 장난감을 크리스가 주워 논문봉투속에 넣어둔 상태였습니다.

그로 인해 검색대에 걸려 논문을 별도로 들고 비행기에 타게 되고, 화물칸에서 화재가 일어났음에도 논문은 따로 떨어져있던 덕분에 불에 타지 않아 세상에 타임머신 이론이 알려지게 됩니다.

이로 인해 연구를 독점하기 위해 세계가 난장판이 되어 제 3차 세계대전이 일어나는 세계선입니다.

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그리고 여기서 오카베가 크리스가 찔렸다는 내용의 D메일을 우연히 발송하게 되면서 세계가 '알파세계선'으로 변동됩니다.

이 문제의 메일이 CERN의 데이터베이스에 남게 되면서 시간여행이 가능하다는 사실이 CERN에 알려지고, 크리스가 납치당해 시간여행 이론을 CERN이 독점하게 된 탓에 일개 기업에 의해 세계가 지배당하는 디스토피아가 펼쳐집니다.

이 세계선에선 스즈하가 탄 타임머신이 나카바치 박사 기자회견장이 있는 라디오관에 충돌하면서 기지회견이 취소되어, 나카바치 박사와 크리스가 접촉하지 않게 되고 크리스도 죽지 않았습니다. 그러나 대신 CERN이 오카베 일행을 노리게 되고 그로 인해 시이나 마유리가 사망하는 게 확정되어 버립니다.

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이런 상황에서 오카베는 어떻게든 마유리와 크리스 둘 모두를 구하기 위해 발버둥치게 됩니다. 이게 슈타인즈 게이트의 대략적인 줄거리이고 크리스가 죽게된 상황 배경입니다.